生命科学与技术学院


 
导师代码: 10791
导师姓名: 张勇
性    别:
特    称:
职    称: 教授
学    位: 理学博士学位
属    性: 专职
电子邮件: zhangyong916 @ uestc.edu.cn

学术经历:   1996.09-2000.06 获西南大学学士学位; 2000.09-2003.06 获西南大学硕士学位; 2003.09-2006.06 获南开大学博士学位; 2007.01-2009.01 四川农业大学博士后; 2006.07-2008.07 电子科技大学生命科学与技术学院讲师; 2008.07-2015.07 电子科技大学生命科学与技术学院副教授; 2010.07-2013.11 美国明尼苏达大学博士后、高级研究员、访问教授; 2015.08-今 电子科技大学生命科学与技术学院教授。

个人简介:   张勇,博士,电子科技大学生命科学与技术学院教授、博士生导师。攻读博士学位期间,师从宋文芹、陈瑞阳教授进行植物分子细胞遗传学研究,主要研究工作包括杨树染色体显微分离、抗病基因克隆以及药用植物遗传多样性分析,2006年毕业于南开大学生命科学学院,获理学博士学位,被评为南开大学“2006届优秀博士研究生”,并获香港“求是科技基金会”年度“求是研究生奖学金”。同年,加入电子科技大学生命科学与技术学院,先后于四川农业大学农学院(2007-2010)、明尼苏达大学医学院基因组工程中心(2010-2013)进行博士后及高级研究员研究工作。长期从事植物基因组工程及合成生物学相关的教学、科研工作,专注于植物基因组定向编辑完成了一系列高质量研究工作:1)作为核心研究人员开发了基于Golden Gate的高效TALEN体系被全世界超过1500个实验室广泛使用;2)针对class 2类CRISPR系统新成员,构建了高效、特异的水稻(植物)CRISPR-Cas12a、CRISPR-Cas12b基因组编辑新系统;3)基于Golden Gate+GateWay策略,构建了简单、高效的CRISPR-Cas9、Cas12a植物基因组编辑多功能工具文库;4)设计了“单一转录单元CRISPR-Cas(STU-Cas)”基因组编辑系统,针对植物基因组目标位点进行快捷、高效的基因组编辑;5)基于全基因组重测序大数据分析策略, 完成了CRISPR-Cas9、Cas12a介导的植物基因组编辑特异性定量评价。主持国家自然科学基金3项、国家转基因重大专项子课题1项、国家博士后基金1项、四川省杰出青年科学基金1项,在Nature Plants、Molecular Plant、Genome Biology、Genome Research、Plant Physiology等期刊发表学术论文93篇,SCI引用超过4000次,9篇论文入选ESI高被引论文(2篇论文同时入选ESI热点论文)。作为主讲教师,为本科、研究生讲授《基因工程》、《高级分子生物学》等课程;作为指导教师,指导本科生参加“国际遗传工程机器竞赛”(iGEM),先后取得亚太赛区银牌(2013)、总决赛银牌(2014)、总决赛金牌(2015-2019)。

科研项目:   1、国家转基因重大专项:落叶松基因组编辑及基因工程新技术构建应用(2018.01-2020.12,主持) 2、国家自然科学基金:基于CRISPR-Cpf1核酸酶的高效水稻基因组定向编辑新系统构建及应用(2018.01-2021.12,主持) 3、四川省青年科技基金:水稻基因组增强子高效挖掘及定向修饰功能研究(2017.01-2019.12,主持) 4、国家自然科学基金:靶向核酸酶技术体系在小麦基因组定位修饰中的建立及应用研究(2013.01-2016.12,主持) 5、国家自然科学基金:黑麦种质导入引发小麦易位系新性状产生的表观分子机制(2010.01-2012.12,主持) 6、中国博士后科学基金:小麦-黑麦易位系叶片抗衰老特性与DNA甲基化变异间相关性研究(2007.01-2009.12,主持)

研究成果:   1. Tang X, Sretenovic S, Ren Q, Jia X, Li M, Fan T, Yin D, Xiang S, Guo Y, Liu L, Zheng X, Qi Y*, Zhang Y*. 2020. Plant prime editors enable precise gene editing in rice cells. Molecular Plant, doi:10.1016/j.molp.2020.03.010. (corresponding author) 2. Ming M, Ren Q, Pan C, He Y, Zhang Y, Liu S, Zhong Z, Wang J, Malzahn A, Wu J, Zheng X, Zhang Y*, Qi Y*. 2020. CRISPR-Cas12b enables efficient plant genome engineering. Nature Plants, 6: 202-208. 10.1038/s41477-020-0614-6. (corresponding author) 3. Liu G, Zhang Y*, Zhang T*. 2020. Computational approaches for effective CRISPR guide RNA design and evaluation. Computational and Structural Biotechnology Journal, 18: 35-44. (corresponding author) 4. Zhong Z, Liu S, Liu X, Liu B, Tang X, Ren Q, Zhou J, Zheng X, Qi Y*, Zhang Y*. 2020. Intron-based single transcript unit CRISPR systems for plant genome editing. Rice, 13(1):8. doi: 10.1186/s12284-020-0369-8. 5. Ren Q, Zhong Z, Wang Y, You Q, Li Q, Yuan M, He Y, Qi C, Tang X, Zheng X, Zhang T*, Qi Y*, Zhang Y*. 2019. Bidirectional promoter-based CRISPR-Cas9 systems for plant genome editing. Frontiers in Plant Science, 10: 1173. doi: 10.3389/fpls.2019.01173. eCollection 2019. (corresponding author) 6. Lv H, Dao FY, Guan ZX, Zhang D, Tan JX, Zhang Y*, Chen W*, Lin H*. 2019. iDNA6mA-Rice: A computational tool for detecting N6-methyladenine sites in rice. Frontiers in Genetics, 10: 793. (corresponding author) 7. Wei T, Gao Y, Deng K, Zhang L, Yang M, Liu X, Qi C, Wang C, Song W, Zhang Y*, Chen C*. 2019. Enhancement of tanshinone production in Salvia miltiorrhiza hairy root cultures by metabolic engineering. Plant Methods, 15:53. doi: 10.1186/s13007-019-0439-3. eCollection 2019. (corresponding author) 8. Zhou J, Xin X, He Y, Chen H, Li Q, Tang X, Zhong Z, Deng K, Zheng X, Akher SA, Cai G, Qi Y*, Zhang Y*. 2019. Multiplex QTL editing of grain-related genes improves yield in elite rice varieties. Plant Cell Reports, 38(4): 475-485. doi: 10.1007/s00299-018-2340-3. (corresponding author) 9. Zhong Z, Sretenovic S, Ren Q, Yang L, Bao Y, Qi C, Yuan M, He Y, Liu S, Liu X, Wang J, Huang L, Wang Y, Baby D, Wang D, Zhang T, Qi Y*, Zhang Y*. 2019. Improving plant genome editing with high-fidelity xCas9 and non-canonical PAM-targeting Cas9-NG. Molecular Plant, 12(7): 1027-1036. doi: 10.1016/j.molp.2019.03.011. (corresponding author) 10. Tang X, Ren Q, Yang L, Bao Y, Zhong Z, He Y, Liu S, Qi C, Liu B, Wang Y, Sretenovic S, Zhang Y, Zheng X, Zhang T*, Qi Y*, Zhang Y*. 2019. Single transcript unit CRISPR 2.0 systems for robust Cas9 and Cas12a mediated plant genome editing. Plant Biotechnology Journal, 17(7): 1431-1445. doi: 10.1111/pbi.13068. (corresponding author) 11. Malzahn AA, Tang X, Lee K, Ren Q, Sretenovic S, Zhang Y, Chen H, Kang M, Bao Y, Zheng X, Deng K, Zhang T, Salcedo V, Wang K, Zhang Y*, Qi Y*. 2019. Application of CRISPR-Cas12a temperature sensitivity for improved genome editing in rice, maize, and Arabidopsis. BMC Biology, 17(1): 9. doi: 10.1186/s12915-019-0629-5. (corresponding author) 12. Wang B, Zhong Z, Zhang H, Wang X, Liu B, Yang L, Han X, Yu D, Zheng X, Wang C, Song W, Chen C*, Zhang Y*. 2019. Targeted mutagenesis of NAC transcription factor gene, OsNAC041, leading to salt sensitivity in rice. Rice Science, 26(2): 98-108. doi: 10.1016/j.rsci.2018.12.005. (corresponding author) 13. Tang X, Zhong Z, Ren Q, Liu B, Zhang Y*. 2019. A single transcript CRISPR-Cas9 system for multiplex genome editing in plants. Methods in Molecular Biology, 1917: 75-82. doi: 10.1007/978-1-4939-8991-1_6. (corresponding author) 14. Zhou J, Zhong Z, Chen H, Li Q, Zheng X, Qi Y, Zhang Y*. 2019. Knocking out MicroRNA genes in rice with CRISPR-Cas9. Methods in Molecular Biology, 1917: 109-119. doi: 10.1007/978-1-4939-8991-1_9. (corresponding author) 15. Malzahn A, Zhang Y, Qi Y. 2019. CRISPR-Act2.0: an improved multiplexed system for plant transcriptional activation. Methods in Molecular Biology, 1917: 83-93. doi: 10.1007/978-1-4939-8991-1_7. 16. Zhang Y, Zhang Y, Qi Y. 2019. Plant gene knockout and knockdown by CRISPR-Cpf1 (Cas12a) systems. Methods in Molecular Biology, 1917: 245-256. doi: 10.1007/978-1-4939-8991-1_18. 17. Tang X, Liu G, Zhou J, Ren Q, You Q, Tian L, Xin X, Zhong Z, Liu B, Zheng X, Zhang D, Malzahn A, Gong Z, Qi Y*, Zhang T*, Zhang Y*. 2018. A large-scale whole-genome sequencing analysis reveals highly specific genome editing by both Cas9 and Cpf1 (Cas12a) nucleases in rice. Genome Biology, 19(1): 84. doi: 10.1186/s13059-018-1458-5. (corresponding author) 18. Zheng X, Yang L, Li Q, Ji L, Tang A, Zang L, Deng K, Zhou J, Zhang Y*. 2018. MIGS as a simple and efficient method for gene silencing in rice. Frontiers in Plant Science, 9: 1-10. doi.org/10.3389/fpls.2018.00662. (corresponding author) 19. You Q, Zhong Z, Ren Q, Hassan F, Zhang Y*, Zhang T*. 2018. CRISPRMatch: an automatic calculation and visualization tool for high-throughput CRISPR genome-editing data analysis. International Journal of Biological Sciences, 14(8): 858-862. doi:10.7150/ijbs.24581. (corresponding author) 20. Zhong Z, Zhang Y, You Q, Tang X, Ren Q, Liu S, Yang L, Wang Y, Liu X, Liu B, Zhang T, Zheng X, Le Y, Zhang Y*, Qi Y*. 2018. Plant genome editing using FnCpf1 and LbCpf1 nucleases at redefined and altered PAM sites. Molecular Plant, 11(7): 999-1002. doi: 10.1016/ j.molp.2018.03.008. (corresponding author) 21. Lowder LG, Zhou J, Zhang Y, Malzahn A, Zhong Z, Hsieh TF, Voytas DF, Zhang Y*, Qi Y*. 2018. Robust transcriptional activation in plants using multiplexed CRISPR-Act2.0 and mtale-act systems. Molecular Plant, 11(2): 245-256. doi: 10.1016/j.molp.2017.11.010. (corresponding author) 22. Wei T, Deng K, Wang H, Zhang L, Wang C, Song W, Zhang Y*, Chen C*. 2018. Comparative transcriptome analyses reveal potential mechanisms of enhanced drought tolerance in transgenic Salvia miltiorrhiza plants expressing AtDREB1A from Arabidopsis. International Journal of Molecular Sciences, 2018, 19(3): 827. doi: 10.3390/ijms19030827. (corresponding author) 23. Zhou J, Deng K, Cheng Y, Zhong Z, Tian L, Tang X, Tang A, Zheng X, Zhang T, Qi Y*, Zhang Y*. 2017. CRISPR-Cas9 based genome editing reveals new insights into microRNA function and regulation in rice. Frontiers in Plant Science, 8: 1598. doi: 10.3389/fpls.2017.01598. (corresponding author) 24. Tang X, Lowder LG, Zhang T, Malzahn A, Zheng X, Voytas DF, Zhong Z, Chen Y, Ren Q, Li Q, Kirkland ER, Zhang Y*, Qi Y*. 2017. A CRISPR-Cpf1 system for efficient genome editing and transcriptional repression in plants. Nature Plants, 3: 17018. doi:10.1038/nplants.2017.18. (corresponding author) 25. Wei T, Deng K, Zhang Q, Gao Y, Liu Y, Yang M, Zhang L, Zheng X, Wang C, Liu Z, Chen C, Zhang Y. 2017. Modulating AtDREB1C expression improves drought tolerance in Salvia miltiorrhiza. Frontiers in Plant Science, 8: 52. doi: 10.3389/fpls.2017.00052. eCollection 2017. (corresponding author) 26. Tang X, Zheng X, Qi YP, Zhang D, Cheng Y, Tang A, Voytas DF*, Zhang Y*. 2016. A single transcript CRISPR-Cas9 system for efficient genome editing in plants. Molecular Plant, 9(7): 1088-1091. doi:10.1016/j.molp.2016.05.001. (corresponding author) 27. Wei T, Deng K, Liu D, Gao Y, Liu Y, Yang M, Zhang L, Zheng X, Wang C, Song W, Chen C, Zhang Y*. 2016. Ectopic expression of DREB transcription factor, AtDREB1A, confers tolerance to drought in transgenic Salvia miltiorrhiza. Plant Cell Physiology, 57(8): 1593-1609. doi: 10.1093/pcp/pcw084. (corresponding author) 28. Wei T, Deng K, Gao Y, Liu Y, Yang M, Zhang L, Zheng X, Wang C, Song W, Chen C, Zhang Y*. 2016. Arabidopsis DREB1B in transgenic Salvia miltiorrhiza increased tolerance to drought stress without stunting growth. Plant Physiology Biochemistry, 104: 17-28. doi: 10.1016/j.plaphy.2016.03.003. (corresponding author) 29. Zheng XL, Yang SX, Zhang DW, Zhong ZH, Tang X, Deng KJ, Zhou JP, Qi YP, Zhang Y*. 2016. Effective screen of CRISPR/Cas9-induced mutants in rice by single-strand conformation polymorphism. Plant Cell Reports, 35(7): 1545-1554. doi: 10.1007/s00299-016-1967-1. (corresponding author) 30. Qi Y*, Zhang Y*, Baller JA, Voytas DF. 2016. Histone H2AX and the small RNAs pathway modulate both non-homologous end-joining and homologous recombination in plants. Mutation Research /Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 783: 9-14. doi:10.1016/j.mrfmmm.2015.12.002. (equal contribution) 31. Lowder LG, Zhang D, Baltes NJ, Paul JW 3rd, Tang X, Zheng X, Voytas DF, Hsieh TF, Zhang Y*, Qi Y*. 2015. A CRISPR/Cas9 toolbox for multiplexed plant genome editing and transcriptional regulation. Plant Physiology, 169(2): 971-985. doi: 10.1104/pp.15.00636. (corresponding author) 32. Zheng X, Li Q, Liu D, Zang L, Zhang K, Deng K, Yang S, Xie Z, Tang X, Qi Y, Zhang Y*. 2015. Promoter analysis of the sweet potato ADP-glucose pyrophosphorylase gene IbAGP1 in Nicotiana tabacum. Plant Cell Reports, 34(11): 1873-1884. doi: 10.1007/s00299-015-1834-5. (corresponding author) 33. Zhou J, Cheng Y, Yin M, Yang E, Gong W, Liu C, Zheng X, Deng K, Ren Z, Zhang Y*. 2015. Identification of novel miRNAs and miRNA expression profiling in wheat hybrid necrosis. PLoS One, 10(2): e0117507. doi: 10.1371/journal.pone.0117507. eCollection 2015. (corresponding author) 34. ?ermák T, Baltes NJ, ?egan R, Zhang Y, Voytas DF. 2015. High-frequency, precise modification of the tomato genome. Genome Biology, 16(1): 232-246. doi: 10.1186/s13059-015-0796-9. 35. Zhang Y, Cheng Y, Guo J, Yang E, Liu C, Zheng X, Deng K, Zhou J. 2014. Comparative transcriptome analysis to reveal genes involved in wheat hybrid necrosis. International Journal of Molecular Sciences, 15(12): 23332-23344. doi: 10.3390/ijms151223332. 36. Qi YP*, Zhang Y*, Zhang F, Baller JA, Cleland SC, Ryu Y, Starker CG, Voytas DF. 2013. Increasing frequencies of site-specific mutagenesis and gene targeting in Arabidopsis by manipulating DNA repair pathways. Genome Research, 23(3): 547-554. (equal contribution) 37. Shan QW, Wang YP, Chen KL, Liang Z, Li J, Zhang Y, Zhang K, Liu JX, Voytas DF, Zheng XL, Zhang Y*, Gao CX*. 2013. Rapid and efficient gene modification in rice and Brachypodium using TALENs. Molecular Plant, 6(4): 1365-1368. doi: 10.1093/mp/sss162 (Corresponding author) 38. Zhang Y, Zhang F, Li XH, Christian M, Bogdanove AJ, Qi YP, Starker CG, Bogdanove AJ, Voytas DF. 2013. Transcription activator-like effector nucleases enable efficient plant genome engineering. Plant Physiology, 161(1):20-27. 39. Cermak T, Doyle EL, Christian M, Wang L, Zhang Y, Schmidt C, Baller JA, Somia NV, Bogdanove AJ, Voytas DF. 2011. Efficient design and assembly of custom TALEN and other TAL effector-based constructs for DNA targeting. Nucleic Acids Research, 39(12): e82. 40. Zhang Y, Zhang SG, Qi LW, Zhang T, Wang CG, Chen CB, Song WQ. 2010. Isolation, characterization and phylogenetic analysis of nucleotide binding site-encoding disease-resistance gene analogues from European Aspen (Populus tremula). Silvae Genetica, 59 (2-3): 68-76. 41. Zhang Y, Liu ZH, Liu C, Yang ZJ, Deng KJ, Peng JH, Zhou JP, Li GR, Tang ZX, Ren ZL. 2008. Analysis of DNA methylation variation in wheat genetic background after alien chromatin introduction based on methylation-sensitive amplification polymorphism. Chinese Science Bulletin, 53 (1): 58-69. 42. Zhang Y, Zhang SG, Qi LW, Liu B, Xiong BQ, Gao JM, Chen XQ, Chen CB, Li XL, Song WQ. 2006. Cloning and characterization of disease resistance gene analogs from poplar (Populus tremula) chromosome 1. International Journal of Plant Sciences, 167 (3): 403-412. 43. 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(通讯作者) 50. 邓科君, 张勇, 熊丙全, 彭金华, 张韬, 赵晓楠, 任正隆. 2009. 药用植物丹参EST-SSR标记的鉴定. 药学学报, 44 (10): 1165-1172. (通讯作者) 51. 张勇, 邓科君, 张韬, 彭金华, 周建平, 任正隆. 2009. 水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定. 高技术通讯, 19 (9): 983-990. 52. 张勇, 邓科君, 张韬, 彭金华, 周建平, 任正隆. 2009.黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析. 麦类作物学报, 29 (4): 559-564. 53. 谢丽源, 张勇, 熊丙全, 甘炳成. 2009. 多胺对共生条件下丛枝菌根真菌及宿主植物生长发育的影响. 中国生态农业学报, 6: . (通讯作者) 54. 张勇, 刘朝辉, 杨足君, 邓科君, 刘成, 彭金华, 李光蓉, 周建平, 任正隆. 2008. 小麦易位系基因组DNA甲基化分析中MSAP体系建立及应用. 四川大学学报, 45: 163-171. 55. 张勇, 刘朝辉, 刘成, 杨足君, 邓科君, 彭金华, 周建平, 李光蓉, 唐宗祥, 任正隆. 2007. 外源种质导入引发小麦表观遗传变异的MSAP分析. 科学通报, 52 (24) : 2857-2865. 56. 张勇, 张守攻, 齐力旺, 陈小强, 陈瑞阳, 宋文芹. 2006. 杨树--林木基因组学研究的模式物种. 植物学通报, 23 (3): 286-293. 57. 张勇, 谢丽源, 熊丙全, 曾明, 余东. 2004. 银杏根际丛枝菌根真菌生长与根系黄酮含量的相关性研究. 菌物学报, 23 (1): 133-138. 58. 张勇, 谢丽源, 熊丙全, 曾明, 刘建福, 余东, 袁军. 2003. 多胺对离体培养条件下丛枝菌根真菌生长发育的影响. 菌物系统, 22 (3): 417-423. 59. 张勇, 谢丽源, 熊丙全, 曾明. 2003. 银杏根系甲醇溶提物对离体培养条件下丛枝菌根真菌生长发育的研究. 应用生态学报, 14 (12): 2233-2236. 60. 张勇, 曾明, 熊丙全, 杨晓红. 2003. 丛枝菌根 (AM) 生物技术在现代农业体系中的生态意义. 应用生态学报, 14 (4): 613-617. 61. 陈小强, 李秀兰, 王春国, 张勇, 宋文芹, 陈瑞阳. 2006. 大花蕙兰授粉后子房cDNA差异表达片段序列分析. 园艺学报, 33 (4): 783-788 62. 张守攻*, 张勇*, 刘博, 李秀兰, 宋文芹, 韩素英, 齐力旺. 2006. 欧洲山杨一号染色体显微分离、原位杂交分析及特异文库的构建. 园艺学报, 33 (4): 794-800 (同等贡献). 63. 刘建福, 杨道茂, 欧阳明安, 王丽娜, 张勇, 曾明. 2005. 澳洲坚果根系溶提物对AM真菌孢子萌发和菌丝生长的影响. 植物生态学报, 29 (6): 1038-1042. (通讯作者)

专业研究方向:  
专业名称 研究方向 招生类别
083100生物医学工程 06生物化学与分子生物学 博士
071000生物学 01生物化学与分子生物学 硕士
071000生物学 06遗传学 硕士
083100生物医学工程 08电子科技大学-加拿大麦吉尔大学生物医学工程-神经科学双硕士教育项目 硕士


学院列表
01  信息与通信工程学院
02  电子科学与工程学院
03  材料与能源学院
04  机械与电气工程学院
05  光电科学与工程学院
06  自动化工程学院
07  资源与环境学院
08  计算机科学与工程学院
09  信息与软件工程学院
10  航空航天学院
11  数学科学学院
12  物理学院
13  医学院
14  生命科学与技术学院
15  经济与管理学院
16  公共管理学院
17  外国语学院
18  马克思主义学院
21  基础与前沿研究院
22  通信抗干扰技术国家级重点实验室
23  电子科学技术研究院
28  深圳高等研究院